Nakon političke odluke Europskoga vijeća o otvaranju pregovora i sazivanju bilateralne međuvladine konferencije o pristupanju pregovori su formalno započeli 3. listopada 2005. godine održavanjem prve sjednice međuvladine konferencije između država članica EU-a i Republike Hrvatske na kojoj su razmijenjena Opća stajališta Europske unije i Republike Hrvatske.

Nakon formalnog otvaranja pregovora slijedi faza analitičkoga pregleda i ocjene usklađenosti nacionalnoga zakonodavstva države kandidatkinje s pravnom stečevinom Europske unije, poznatija kao screening. Osnovna je svrha screeninga utvrditi postojeće razlike u svakom poglavlju pregovora između zakonodavstva države kandidatkinje i pravne stečevine Europske unije s kojom je do trenutka pristupanja u članstvo potrebno uskladiti nacionalno zakonodavstvo. Na temelju analize od države kandidatkinje očekuje se da pokaže hoće li moći u cijelosti prihvatiti pravnu stečevinu Europske unije u pojedinom poglavlju pregovora i uskladiti uočene razlike u zakonodavstvu ili ima namjeru zatražiti odgovarajuća prijelazna razdoblja za potpuno usklađivanje i punu provedbu. Screening se provodi zasebno za svako poglavlje pregovora, a njegovo trajanje po pojedinom poglavlju ovisi o opsegu i količini pravne stečevine. Iskustva pokazuju da screening može trajati od jednoga dana do nekoliko tjedana. Cjelokupan postupak screeninga uobičajeno traje oko godinu dana.

Nakon završetka analitičkoga pregleda Odluku o otvaranju pregovora u pojedinom poglavlju, ovisno o ocjeni spremnosti države kandidatkinje, donose države članice u okviru Vijeća Europske unije. Otvaranjem pregovora o pojedinom poglavlju započinje sadržajna faza pregovora tijekom koje se pregovara o uvjetima pod kojima će država kandidatkinja prihvatiti, primijeniti i provesti pravnu stečevinu Europske unije u tom poglavlju, uključujući prijelazna razdoblja koja je eventualno zatražila država kandidatkinja.

Sadržajni pregovori vode se na temelju pregovaračkih stajališta Europske unije i države kandidatkinje, koja se pripremaju za svako pojedino poglavlje pregovora slijedom rezultata screeninga (vidi: pregovaračka stajališta).

Tijekom cjelokupnoga trajanja pregovora o odvijanju pregovora redovito se izvješćuje Europski parlament, a u Republici Hrvatskoj Nacionalni odbor Hrvatskoga sabora za praćenje pregovora.

 Nakon postizanja dogovora između Europske unije i države kandidatkinje o pojedinom poglavlju pregovora, uz ispunjenost preduvjeta za njegovo zatvaranje, ono se smatra privremeno zatvorenim. Formalnu odluku o tome donosi međuvladina konferencija na ministarskoj razini. Sve do sklapanja Ugovora o pristupanju, ako se u tom poglavlju pravne stečevine donesu bitno novi propisi ili ako država kandidatkinja ne ispuni preduvjete i obveze koje je preuzela za to poglavlje pregovora, postoji mogućnost njegova ponovnog otvaranja.

Stupanje u punopravno članstvo

Kada se pregovori privremeno zatvore u svim poglavljima, Europsko vijeće u svojim zaključcima uobičajeno obilježava dovršetak pregovora s državom kandidatkinjom. Rezultati pregovora zatim se ugrađuju u odredbe nacrta Ugovora o pristupanju, u čijoj izradi sudjeluju predstavnici država članica i institucija Europske unije te predstavnici države kandidatkinje.

Nakon postizanja dogovora između Europske unije i države kandidatkinje o tekstu nacrta Ugovora o pristupanju tekst se upućuje u odgovarajući postupak u institucijama i državama članicama Europske unije te državi kandidatkinji. Na temelju nacrta Ugovora, a prije njegova potpisivanja, Europska komisija mora donijeti konačno mišljenje o zahtjevu za članstvo države kandidatkinje, Europski parlament dati suglasnost, a Vijeće na kraju donijeti jednoglasnu odluku o prihvaćanju nove države članice i njezina zahtjeva za članstvo. Država kandidatkinja otada se smatra državom pristupnicom.

Ugovor potpisuju najviši dužnosnici država članica Europske unije i države pristupnice te se Ugovor upućuje u postupak potvrđivanja (ratifikacije) sukladno ustavnim odredbama svake od država potpisnica.

Nakon potpisivanja Ugovora o pristupanju država pristupnica počinje sudjelovati u radu tijela Vijeća Europske unije i Europskoga parlamenta kao aktivni promatrač.

Da bi Ugovor o pristupanju stupio na snagu, trebaju ga potvrditi (ratificirati) parlamenti država članica i države pristupnice. Prije potvrđivanja Ugovora o pristupanju većina država pristupnica provodi i referendum na kojem građani donose konačnu odluku o ulasku države u članstvo Europske unije.

Stupanjem na snagu Ugovora o pristupanju uobičajeno na utvrđeni datum, pod uvjetom da je dovršen proces ratifikacije, država pristupnica postaje članica Europske unije.